Lecciones de la combinación de pruebas (pooling) aplicada a gran escala de 133.816 pruebas de RT-PCR de SARS-CoV-2

2/10/2020

Barak N, Ben-Ami R, Benedek G, et al.

medRxiv

Este estudio describe la validación y la implementación temprana de la combinación de muestras para la detección del SARS-CoV-2. Los autores monitorearon y emplearon la combinación adaptativa de 8 muestras y 5 muestras de lisados ​​de muestras nasofaríngeas para la detección de SARS-CoV-2 durante un período de 5 meses. Desde mediados de abril hasta mediados de septiembre de 2020, se analizaron 133,816 muestras en 14,697 grupos de 8 muestras y 3,248 grupos de 5 muestras. El 9.35% y el 22.1% de los grupos dieron positivo, respectivamente. La eficiencia empírica (número total de muestras analizadas dividido por el número de reacciones de RT-PCR reales realizadas) fue de 4,587 para los conjuntos de 8 muestras y 2,377 para los conjuntos de 5 muestras. Los autores concluyen que el análisis de datos reveló una eficiencia y una sensibilidad de agrupación que superan las predicciones teóricas, que resultan de la distribución no aleatoria de muestras positivas en agrupaciones. Los enfoques de agrupación adaptativa pueden maximizar el ahorro de recursos bajo tasas de prevalencia fluctuantes. Estos hallazgos apoyan la puesta en común para pruebas de SARS-CoV-2 eficientes, grandes y de gran cantidad.

Barak N, Ben-Ami R, Benedek G, et al. Lessons from applied large-scale pooling of 133,816 SARS-CoV-2 RT-PCR tests. medRxiv 2020; : 2020.10.16.20213405.

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