Un ensayo simple de temperatura de fusión RT-PCR para detectar rápidamente el SARS-CoV-2 de amplia circulación

8/3/2021

Padmapriya Banada, Raquel Green, Sukalyani Banik, Abby Chopoorian, Deanna Streck, Robert Jones, Soumitesh Chakravorty, David Alland

medRxiv

Con la aparición de diferentes cepas de SARS-CoV-2, es importante desarrollar un método rápido y sencillo de detección de las mutaciones clave. Banada y col. desarrolló un ensayo de temperatura de fusión para identificar la mutación SARS-CoV-2 N501Y que se encuentra específicamente en las nuevas variantes del virus (Reino Unido (B.1.1.7), Sudáfrica (B1.351) y Brasil (P.1)) . Se utilizó RT-PCR para amplificar la secuencia de la mutación SARS-CoV-2 N501Y. Se utilizaron dos sondas de baliza molecular descuidadas (SMB), con fluoróforos únicos y temperaturas de fusión, dentro del ensayo de PCR que se dirigieron claramente a las secuencias de tipo salvaje (WT) o mutantes (MT). Se utilizó un cambio en las temperaturas de fusión para diferenciar entre una infección WT o MT SARS-CoV-2. Los ensayos se validaron en 50 muestras de pacientes (20 infectados, 30 controles negativos) y la detección de infecciones por MT se correlacionó al 100% con la secuenciación de Sanger. Este estudio representa uno de los primeros usos de una “firma Tm” basada en PCR para detectar y diferenciar los tipos de infecciones por SARS-CoV-2. * Este artículo es una versión preliminar de medRxiv y aún no ha sido revisado por pares.

Banada, P., Green, R., Banik, S., et al. A Simple RT-PCR Melting temperature Assay to Rapidly Screen for Widely Circulating SARS-CoV-2 Variants. medRxiv [Preprint]. 2021; Mar 8:2021.03.05.21252709. doi: 10.1101/2021.03.05.21252709.

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